Knihovní fond je profilován obory působnosti ústavu. Trvalá pozornost je tak věnována primárním i sekundárním fondům z oblasti archeologie, dějin, etnografie, památkové péče, umění (film, fotografie, hudba, knižní kultura, literatura, výtvarnictví). Zvláštní pozornost je orientována k problematice života v regionu Přerovska, jehož záběr zahrnuje též bývalé okresy Hranice, Kojetín a Lipník nad Bečvou. Dalším hlediskem je území Hané, tzv. Moravské brány, Valašska a Záhoří. Zmíněný region a jeho průmyslový i zemědělský charakter je dalším určujícím prvkem v doplňování fondů. Knihovna poskytuje služby pracovníkům muzea a je přístupna i veřejnosti. Prezenčně i absenčně využívají knihy a časopisy především studenti středních a vysokých škol, ale také další zájemci.